Hasil rapat  senat Fakultas Agama Islam padatanggal 18 Agustus 2001, yang dihadiri oleh Rektor dan Pembantu Rektor menetapkan bahwa Program Magister (S2) Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Sumatera Barat dengan Program Studi Ilmu Agama Islam perlu segera dibuka. Kelanjutan pendirian Program Pascasarjana  (S2) Program ILmu Agama Islam Universitas Muhammadiyah Sumatera Barat ini kemudian mendapat legalisasi berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor DJ.II/380/2002 tanggal 13 November 2002.

Berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) No. 33 Tahun 2016 tentang perubahan nomenklatur Program Studi (Prodi)) Ilmu Agama Islam ditiadakan, maka nomenklatur Prodi Ilmu Agama Islam dirubah menjadi nama Prodi Pendidikan Agama Islam dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6122 tahun 2017.

Sejalan dengan perubahan nomenklatur tersebut, Program Studi Pendidikan Agama Islam

Menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam Swasta berbasis keislaman terbaik di Sumatera dalam pengembangan Ilmu pengetahuan dan pembinaan IMTAQ dengan mengedepankan nilai budaya Lokal untuk mendukung terwujudnya kesejahteraan Umat

1. Menyelenggarakan Pendidikan Pascasarjana yang berkualitas bidang Pendidikan Agama Islam.
2. Melaksanakan penelitian di bidang Pendidikan agama Islam dengan mempertimbangkan potensi nilai budaya lokal.
3. Menyelengggarakan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang Pendidikan Agama Islam dengan memperhatikan keragaman nilai budaya lokal.
4. Memperkuat penerapan nilai al-Islam dan Kemuhammadiyahan di tingkat Program Studi Pendidikan Agama Islam.
5. Meningkatkan kualitas Kerjasama dengan berbagai instansi yang saling menguntungkan di tingkat Program Studi Pendidikan Agama Islam.

Mengoptimalkan tata Kelola Program Studi Pendidikan Agama Islam yang baik menuju peningkatan mutu yang berkelanjutan