Program Studi Pendidikan Agama Islam lahir seiring dengan adanya penggabungan 3 Program Studi menjadi Fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin. Hal ini seiring dengan keluarnya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam pada tahun 1997 dengan Nomor: E/47/1997 tanggal 17 April 1997. Program Studi Pendidikan Agama Islam sebelumnya berada di Padang Panjang di bawah Fakultas Tarbiyah. Penggabungan tiga Program studi ini berdasarkan kebijakan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sumatera Barat karena pada saat itu Program Studi Pendidikan Agama Islam di Padang belum ada, maka untuk efesiensi dan efektifnya pengelolaan Program Studi.

Pada saat itu status kelembagaan Pendidikan berada pada 3 tingakatan yaitu terdaftar, diakui dan disamakan. Sebelum tahun 1997 status masing-masing program studi adalah terdaftar. Setelah tahun 1997 sampai tahun 2000 status masing-masing program studidiakui dan disamakan. Berdasarkan hal tersebut maka pada tahun 2000 Program Studi Pendidikan Agama Islam meningkatkan kwalitasnya sehingga dapat dilakukan pengajuan akreditasi. Akreditasi Program Studi Pendidikan Agama Islam memperoleh nilai 448 pada saat itu angka ini setara dengan nilai C. pengakuan ini tertera pada Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional No. 017/BAN-PT/Ak-IV/VII/2000.

Tuntutan akreditasi pada setiap program studi tidak berhenti sampai disana saja sehingga menuntut masing-masing Lembaga untuk memperbaharui status akreditasinya. Program Studi Pendidikan Agama Islam kembali memperbaharui statusnya pada tahun 2011 agar memperoleh pengakuan dari masyarakat dengan perolehnilai B. Status Akreditsai ini tertera pada Surat Keputusan BAN-PT denganNomor: 2599/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2016. Akreditasi Program Studi dilakukan lima tahun sekali, berdasarkan hal ini maka Program Studi Pendidikan Agama Islam kembali re-akreditasi pada tahun 2021 ini.

Menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam yang Unggul dalam menyelenggarakan Pendidikan  Agama Islam berbasis nilai keislaman dan kearifan lokal untuk menghasilkan Tenaga Pendidik profesional di bidang Pendidikan Agama Islam tahun 2030

1. Menyelenggarakan Pendidikan dan Pengajaran Pendidikan Agama Islam yang bermuhammadiyah dan humasi
2. Melaksanakan penelitian Pendidikan Agama Islam yang berbasis kearifan lokal dan ilmu pengetahuan
3. Melaksanakan Pengabdian kepada Masyarakat untuk memajukan Ummat
4. Menyelenggarakan nilai Al-Islam dan Kemuhammadiyahan untuk mengahasilkan pendidik yang ber Iman dan Bertaqwa serta Berakhlakul Karimah
5. Melaksanakan LoA antar lembaga internal dan eksternal Muhammadiyah
6. Menyelenggarakan Program Studi yang Bermuhammadiyah